Bár az Uniós Vámkódex a kihirdetését követő huszadik napon hatályba lép, ez nem jelenti, hogy azt ezen időponttól alkalmazni is kellene a jelenlegi Vámkódex helyett. Megkezdődik viszont a végrehajtási rendelkezések kidolgozása, melyek elkészültét követően, 2016. május 1-jétől kell majd alkalmazni az Uniós Vámkódexet.

Az új Vámkódex bevezetése informatikai szempontból is kihívást jelent, következésképpen a fent említett, 2016. május 1-jei időpont sem jelöli a teljes körű bevezetés végső határidejét, mivel az elektronikus adatfeldolgozási technikáktól eltérő, az információk cseréjére és adattárolásra szolgáló jelenlegi eszközök – átmeneti időpontig – legkésőbb 2020. december 31-ig alkalmazhatók maradnak, ha az Uniós Vámkódex rendelkezéseinek alkalmazásához szükséges elektronikus rendszerek addigra még nem lesznek működőképesek.